第二軍醫(yī)大學(xué)長征醫(yī)院南京分院設(shè)有臨床科室25個，醫(yī)技科室15個，開展41個專業(yè)，14個實驗室，8個診療中心：創(chuàng)傷急救中心、腦復(fù)蘇中心、血液凈化中心、聽力康復(fù)和眩暈治療中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、體檢中心。
醫(yī)院擁有多排螺旋CT、4800TFCT、數(shù)字胃腸機及1000MA大型X光機、血管造影機、C臂機、IDC、CR和DR系統(tǒng)，多臺彩色多普勒超聲檢查儀、30臺血透儀、全自動呼吸機、高壓氧艙等大型醫(yī)療設(shè)備。以及經(jīng)顱多普勒超聲診斷儀、腦干誘發(fā)電位、各種內(nèi)窺鏡、24小時動態(tài)心電、動態(tài)血壓檢測儀、活動平板、多導(dǎo)生理記錄儀、各種激光治療儀、微波治療儀、血液光量子治療儀、呼吸睡眠監(jiān)測系統(tǒng)、骨髓細(xì)胞分析系統(tǒng)、前庭功能檢查系統(tǒng)、并新增了全自動生化儀、全自動血細(xì)胞分析儀、HT熒光酶標(biāo)儀、微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)、心電監(jiān)護(hù)儀、全自動非接觸眼壓儀等先進(jìn)診療儀器。
2006年醫(yī)院重點加強圍繞中心建設(shè)和發(fā)展特色專業(yè)開展工作、樹立品牌。創(chuàng)傷急救中心建立以急診科、腦外、骨科、普外科、心內(nèi)科等為主導(dǎo)的多學(xué)科協(xié)同救治體系，建立了嚴(yán)格的組織機構(gòu)并制定了重大傷病和公共衛(wèi)生突發(fā)事件醫(yī)療救護(hù)快速應(yīng)急預(yù)案，能及時展開大規(guī)模傷病員救治工作。尤其是“綠色通道”建立后，更為重危急救工作的順利開展提供了有力的保障。在“5.6”和“5.8”重大車禍救治以及“6.3”大批食物中毒救治工作中表現(xiàn)突出,受到省、市領(lǐng)導(dǎo)的表揚。腦復(fù)蘇中心是我院重點學(xué)科之一，我院根據(jù)自身特點并從實際工作出發(fā)，組建了內(nèi)、外科相結(jié)合的綜合神經(jīng)科。神經(jīng)外科顱腦外傷救治率達(dá)到國內(nèi)先進(jìn)水平，神經(jīng)內(nèi)科對診治急、慢性腦血管病變以及癲癇等各種神經(jīng)系統(tǒng)疾病有豐富的臨床經(jīng)驗；血液凈化中心開展急、慢性腎功能衰竭（尿毒癥）、高脂血癥、藥物及食物中毒、慢性充血性心衰終末期等多種治療項目，尤其是動靜脈瘺置管、復(fù)雜瘺重建修補術(shù)、長期雙腔管置放術(shù)、腕管松解術(shù)、人造血管置入術(shù)等技術(shù)水平在省、市同行業(yè)中名列前茅；骨科在上海長征醫(yī)院骨科專家的幫帶下正逐步形成以脊柱外科、關(guān)節(jié)外科為主的特色發(fā)展學(xué)科；耳鼻咽喉及聽力、眩暈中心，是原軍醫(yī)學(xué)院的重點學(xué)科，所屬聽力中心在聽力檢測、分析和康復(fù)治療（包括聾啞兒聽力康復(fù)訓(xùn)練）、助聽器選配等方面處于國內(nèi)先進(jìn)水平，在暈動病研究方面有很深的造詣；肝病中心擁有國際先進(jìn)的“人工肝”設(shè)備和微波刀治療系統(tǒng)，在重型肝炎的搶救和難治性肝炎治療以及肝癌的綜合治療方面達(dá)到國內(nèi)先進(jìn)水平；口腔中心擁有多名來自第四軍醫(yī)大學(xué)的口腔專家，在口內(nèi)、口外、矯形、頜面外科等各種常見病和疑難雜癥診治方面具有很高的水平；手外科在各種斷肢、斷指（趾）再植、再造和復(fù)雜顯微外科矯形等高難度手術(shù)方面處于南京市領(lǐng)先水平；整形美容中心由第二軍醫(yī)大學(xué)長征醫(yī)院整形美容中心主任、著名整形專家江華教授親自指導(dǎo)并選派優(yōu)秀醫(yī)生長期參加診療工作，開診僅半年已順利開展整形手術(shù)近萬例；體檢中心是面向社會大眾服務(wù)的專業(yè)體檢機構(gòu)，實行規(guī)范化管理，已成為上海鐵路局等諸多大型企業(yè)的定點體檢單位，年完成體檢任務(wù)在兩萬人次以上。
2006年，我院成為南京中醫(yī)藥大學(xué)教學(xué)實習(xí)基地，同時承擔(dān)江蘇、安徽等多所院校的教學(xué)任務(wù)，接受進(jìn)修150人、實習(xí)200人，安排繼續(xù)教育II類項目和院內(nèi)、外專家講課40次。檢驗科06年參加全國衛(wèi)生部臨床檢驗中心及南京軍區(qū)臨床檢驗中心組織的室間質(zhì)量評價取得9個專業(yè)組優(yōu)秀的好成績。艾滋病初篩實驗室在2006年南京市衛(wèi)生局對57家醫(yī)院進(jìn)行的現(xiàn)場檢查中獲得滿分?？偤蟆笆濉敝噶钚哉n題取得突破性進(jìn)展。發(fā)表論文30篇，其中核心期刊15篇，參加各種學(xué)術(shù)會議交流論文35篇。
醫(yī)院在努力發(fā)展業(yè)務(wù)、提高醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量的同時，積極參與地方政府、衛(wèi)生行政部門組織的各種公益活動。與江蘇省城市頻道《南京零距離》合作下社區(qū)開展義診服務(wù)60場次，受到廣大市民的稱贊。今年醫(yī)院被南京市評為“紅十字”先進(jìn)單位。
