北京醫(yī)院藥學(xué)部是院長直接領(lǐng)導(dǎo)下的醫(yī)院藥學(xué)技術(shù)部門。下設(shè)4個部門，即調(diào)劑室、藥品供應(yīng)室、藥品質(zhì)量檢驗室、臨床藥理室，其中調(diào)劑室包括門診中、西藥房、急診藥房、病房藥房、北樓藥房，藥品質(zhì)量檢驗室包括藥品檢驗室和制劑室，臨床藥理室包括臨床藥理和臨床藥學(xué)。
藥學(xué)部現(xiàn)有職工105人，其中主任藥師9人，副主任藥師7人，主管藥師48人，藥師29人，藥士5人，技工7人。現(xiàn)有博士3人，碩士12人，大學(xué)本科40人，大專畢業(yè)39人，中專畢業(yè)人員9人。
藥學(xué)部年藥品收入約5億元人民幣，年調(diào)配處方超過400萬張。現(xiàn)有正式批文的法定制劑55種，制劑年產(chǎn)值約400萬元。生產(chǎn)的祛痰合劑、維生素B12滴眼劑、維生素E乳、復(fù)方甘油止癢乳等安全有效，深受患者好評。
目前門急診藥房和住院藥房的藥品全部實施了藥品計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)化管理。門診藥房實行柜臺式服務(wù)，全面實施“以病人為中心”和全程化藥學(xué)服務(wù)的宗旨。2005年北京醫(yī)院在國內(nèi)率先引入全自動口服藥品擺藥技術(shù)，藥品由各病區(qū)護(hù)士清點和核對密封領(lǐng)藥，減少污染，杜絕差錯發(fā)生，增強病人用藥安全，開創(chuàng)了藥房自動化建設(shè)的新局面。
臨床藥學(xué)工作為臨床提供多種治療藥物濃度監(jiān)測（TDM）、藥物不良反應(yīng)監(jiān)測、藥物咨詢、深入臨床提供合理用藥信息及藥學(xué)技術(shù)支持。2006年北京醫(yī)院被批準(zhǔn)為衛(wèi)生部臨床藥師培訓(xùn)基地及北京市住院藥師規(guī)范化培訓(xùn)基地。藥學(xué)部現(xiàn)有專職臨床藥師4名，兼職臨床藥師4名。臨床藥師走入臨床多個病區(qū)，參與臨床用藥、病歷討論及醫(yī)、護(hù)、患用藥教育，帶動藥品不良反應(yīng)監(jiān)測，增進(jìn)藥師與醫(yī)生、護(hù)士的良性互動，結(jié)合臨床需要開展萬古霉素、環(huán)孢素A、地高辛、茶堿、卡馬西平、苯妥英、丙戊酸等多項血藥濃度監(jiān)測，為臨床個體化給藥提供客觀依據(jù)，提高合理用藥水平。
1991年北京醫(yī)院藥學(xué)部被衛(wèi)生部批準(zhǔn)為臨床藥學(xué)基地。1998年被衛(wèi)生部批準(zhǔn)為國家新藥臨床研究基地；2006年通過國家食品藥品監(jiān)督管理局I期臨床研究資格認(rèn)定;藥學(xué)部負(fù)責(zé)基地的管理工作并承擔(dān)I期臨床及基地中心實驗室的任務(wù)。2007年被衛(wèi)生部指定為“臨床藥師制”試點醫(yī)院?，F(xiàn)為山東大學(xué)藥學(xué)院、沈陽藥科大學(xué)、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部、北京衛(wèi)生學(xué)校教學(xué)實習(xí)基地。我部每年國內(nèi)核心期刊發(fā)表論文持續(xù)在50篇以上，目前，參與國家“十一五”重大專項1項，科技部“863”計劃1項，國家自然科學(xué)基金2項，北京市級課題2項。
實驗室是藥學(xué)部的重要組成部分，其擔(dān)負(fù)任務(wù)之一是為我院臨床提供全面的藥學(xué)信息服務(wù)和臨床用藥質(zhì)量保證，其二具有我院新藥研究開發(fā)和臨床研究基地新藥臨床試驗的重要職能。實驗室總面積900m2,下設(shè)分析實驗室、精密儀器室、質(zhì)譜室、常規(guī)儀器室、化學(xué)室、無菌室、微生物實驗室、合成室、臨床藥學(xué)室、臨床藥理室、中藥實驗室、動物實驗室等。配備有串聯(lián)四極桿-液相質(zhì)譜（LC/MS/MS）、液-質(zhì)聯(lián)用（LC/MS）、氣質(zhì)聯(lián)用(GC/MS/MS)、CAPLC-MS聯(lián)用、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、高效毛細(xì)管電泳儀等多種檢測設(shè)備。我院成為新藥臨床研究基地以來，實驗室已完成人體生物等效性試驗和藥代動力學(xué)研究100余項，在國內(nèi)外新藥研究領(lǐng)域享有良好地信譽；藥品檢驗工作是實驗室的重要任務(wù)之一，它不僅包括藥品檢驗還包括食品檢驗，不僅涉及自制制劑、外購藥品還包括部分進(jìn)口藥品的質(zhì)量把關(guān)，既保證了臨床用藥的質(zhì)量，又得到了高干保健的好評，也為醫(yī)院樹立了藥品質(zhì)量過硬的信譽。
掌握藥物和藥學(xué)信息是發(fā)展醫(yī)院藥學(xué)的重要手段，是為臨床醫(yī)務(wù)人員提供良好藥學(xué)服務(wù)的必要條件。我們在收集藥學(xué)信息時，充分利用現(xiàn)代管理科學(xué)、信息科學(xué)和計算機(jī)應(yīng)用技術(shù)，建立局域網(wǎng)的藥物情報資料庫，并定期編寫《醫(yī)院藥學(xué)通訊》和藥品名錄，及時與臨床交流各方面的藥物信息，籌建藥物咨詢及網(wǎng)站。
面對新世紀(jì)的挑戰(zhàn)，我們有信心通過我們的努力和對藥學(xué)事業(yè)的高度責(zé)任感，為提高藥學(xué)服務(wù)水平和質(zhì)量，為廣大群眾的健康做出更大貢獻(xiàn)；更希望與國內(nèi)外同仁攜手，推動我國藥學(xué)事業(yè)的發(fā)展。
